El conflicto cobró matices internacionales, cuando desde Venezuela, se intentó mandar ayuda para los liberales, ideología que cobraba cada vez más adeptos en suelo americano, pero sucumbieron a fines de julio de 1901, en manos de las fuerzas conservadoras de Juan Tovar.

Los sublevados se dividían, en quienes querían continuar las acciones (belicistas) y los pacifistas, que comprendían que no quedaba otra alternativa que negociar la paz.

Esta separación ya existía antes de la guerra, cuando tras el gobierno de Rafael Núñez, sobrevino el mandato de Miguel Antonio Caro, Vicepresidente de Núñez, a quien los liberales le declararon una guerra en 1895, que en tres meses terminó en fracaso, y algunos liberales entendieron lo difícil de oponerse al gobierno oficialista.

Uribe Uribe entendió que los pacifistas estaban ahora también en lo cierto, y aunque la lucha continuó en territorio panameño, hasta noviembre, el 24 de octubre de 1902, se suscribió el acuerdo en la hacienda Neerlandia, firmándose el definitivo el 21 de noviembre, el Tratado de Wisconsin, llamado así por haberse celebrado en el acorazado estadounidense que llevaba ese nombre.

A la profunda crisis poblacional (se perdieron más de 100.000 vidas) y económica (más de dos decenas de millones de pesos oro) ocasionada por la guerra, se sumó, como pérdida para Colombia, la independencia de Panamá, ocurrida el 3 de noviembre de 1903.

Por esta cuestión, la iglesia estaría del lado de los conservadores a lo largo del conflicto, tratando a través de la prédica religiosa, conseguir adeptos para esa causa.

Estas cuestiones generaron la reacción de los liberales radicales, quienes se sublevaron tratando de tomar la ciudad de Bucaramanga, pero rápidamente fueron controlados por las fuerzas oficiales, que declararon que el orden público se hallaba amenazado, asignándose el derecho, por ese motivo, de enviar fuerzas para pacificar el estado, hacia Santander, donde se hallaba el foco del conflicto.

Al comienzo, la guerra se volvió adversa a los liberales insurrectos, siendo vencidos el 24 de octubre de 1899, en la batalla del río Magdalena.

Sin embargo, lograron tomar la ciudad de Cúcuta, y vencer a los conservadores en la batalla de Peralonso, siendo sus fuerzas dirigidas por Rafael Uribe Uribe, entre los días 15 y 16 de diciembre del año 1899.

Los conservadores estaban divididos en dos grupos, los nacionales, partidarios de las ideas de la Regeneración y los Históricos, que pretendían poner algún freno a la irresponsabilidad del Poder Ejecutivo, y disminuir la centralización administrativa. Éstos, lograron hacer caer el gobierno de Sanclemente para designar Presidente a José Manuel Marroquín, que era el vicepresidente anterior. Los liberales desconocieron al nuevo mandatario, y, paralelamente, Gabriel Vargas Santos, por el Partido Liberal, fue reconocido por ese sector, como su líder, Jefe de la República Liberal que pretendían implantar, y generalísimo de su ejército.

Fue la batalla de Palonegro, lugar situado a 8 kms. de Santander capital, acaecida entre el 11 y el 25 de mayo del año 1900, la decisiva en terminar con el sueño liberal, destruido por las armas de Próspero Pinzón, y sus hombres. A partir de entonces, los liberales ya no pudieron reorganizar sus filas, prosiguiendo en la forma de lucha guerrillera, contando con hombres de baja condición social, en su mayoría desposeídos, o pequeños comerciantes, empleados o artesanos, con participación femenina, que sirvió para hacer circular información, curar a los enfermos y preparar los alimentos, participando en muchos casos, directamente, en el campo de batalla (aunque algunas solo lo hicieron para buscar rédito económico, haciendo “favores” a las tropas a cambio de algún tipo de retribución)

Los rebeldes perdieron su posición en Cúcuta, que fue retomada por los conservadores, el día 15 de julio de ese año.

HISTORIA DE LOS MIL DIAS

Duró precisamente mil días o tres años, y ocurrió en Colombia, mientras gobernaba ese estado el aciano presidente conservador Manuel Antonio Sanclemente, de 85 años de edad. Éste gobernó en forma demasiado autoritaria, entre 1888 y 1900, en medio de una crisis económica creciente, y se sumó a las críticas que ya había logrado su antecesor, Rafael Núñez, liberal independiente pero que había accedido a su segundo mandato en 1884, con el respaldo del Partido Conservador.

Núñez, derogó la constitución federalista de Rionegro de 1863, reemplazándola por la Constitución de Colombia del año 1886, de tipo centralista. En este período conocido como el de la Regeneración, se trataron de imponer una serie de reformas, no solo centralizando la administración del estado sino también mejorando los lazos con la iglesia católica.

CONSECUENCIAS DE LA GERRA

Después de la guerra, Colombia quedo totalmente devastada en todos los aspectos: la crisis económica de la preguerra se agravó con la separación de Panamá el 3 de noviembre de 1903. Al país le costó proteger el delicado equilibrio de paz durante aproximadamente 45 años hasta que el Bogotazo hizo que las tensiones bipartidistas se salieran de control hasta 1958 (por el pacto del Frente Nacional) y el cual fue el precedente del actual conflicto armado de la segunda mitad del siglo XX y comienzos del siglo XXI. Ante el rechazo del Tratado Herran-Hay por parte del congreso colombiano, los panameños impulsaron sus viejas intenciones de separarse y con el apoyo militar y político de los Estados Unidos declararon su independencia el 3 de noviembre de 1903. unos días después, el gobierno y congreso panameño concedieron a los Estados Unidos, através del tratado Hay-Bunau-Varilla, el control a perpetuidad de la zona del canal.

Por otro lado, Estados Unidos normalizó sus relaciones con Colombia, por medio de un tratado Urrutia-Thomson, firmado en abril de 1914 durante el gobierno de Carlos E. Restrepo. En este tratado, Colombia reconoció la independencia de Panamá y fijó límites con el mismo. Por su parte, Estados Unidos se comprometió a pagar 25 millones de dólares a Colombia como indemnización por la pérdida de Panamá.

El siglo XIX en Colombia registró varios conflictos violentos entre conservadores y liberales. A medida que se fueron desarrollando los partidos, estos sucitaron grandes conflictos en el territorio Colombiano. La constitución de Rionegro que llevó a un gobierno federal sembró cada vez más las distinciones tanto entre los partidos, como entre los mismos estados que en ocasiones tenían ejércitos muchos más grandes que los del gobierno central. En una situación salpicada de conflictos sociales y guerras civiles, se redactó la constitución de 1886 que pretendía, al contrario de la constitución anterior, un estado central fuerte, en este año en el cual se suprimió la Constitución de 1863 (que revelaba los excesos del federalismo durante el periodo de los radicales) comenzaran a verse los primeros signos que desembocarían en el conflicto armado.